Рукописи являются важным источником в изучении прошлого. Они занимают особое место, как в национальной, так и в мировой культуре. «Свод Законов Тимура», «Дневник похода Тимура в Индию», написанные Гияс-ад-дин Али, отдельные тома «Опыта народов» Ибн Мискавейха хранятся в отделе редких и рукописных книг библиотеки. «Аль-ахкомус султания валь вилоятуд диния» («Законы управления государством») Абул Хасан Али бин Мухаммад Аль-Мовардия является одним из редких произведений в фонде рукописей. Рукопись относится к периоду Аббасидских Халифов (450 год по календарю хиджра).

«Аль-ахкомус султания валь вилоятуд диния»
В фонде отдела хранится факсимильное издание «Османского Корана». С.И. Писарев сделал 50 фотокопий Корана. 25 из них были предназначены для продажи, а остальные 25 – планировалось послать в дар мусульманским странам. Каждая из копий для продажи была оценена по 500 рублей. Данный экземпляр составляет 70 см. в длину, 50 см. в ширину и является лучшим украшением книжной коллекции библиотеки. Кроме того, в библиотеке хранятся различные издания Корана на разных языках, изданных в разные времена, в том числе рукописные.

Алишер Навои (1441-1501). Его произведения переписывались множество раз при его жизни вплоть до XIX века разными переписчиками. Огромное количество произведений поэта хранится в отделе редких изданий и рукописей. Одно из них - «Махбубул Кулуб», переписанное Муллой Хакназаром Усто Бешарикий в 1259 году по календарю хиджра. Литографические копии диванов (произведений) Алишера Навои, сделанные в разные годы. После появления европейских типографий огромное количество книг стали издавать печатным способом. Произведение Алишера Навои «Тарихи мулуки ажам» впервые было издано в печатным способом в 1785 году в Вене под названием «Тарихи фанои». В предисловии к книге кто-то обратился к парламенту Турции, предлагая перевести произведение с чагатайского языка на турецкий язык, чтобы больше людей могло изучить ее. Книга была помещена в кожаный переплет. Эта книга была передана в дар нашей библиотеке Государственной библиотекой имени В.И. Ленина (в настоящее время Российская государственная библиотека) в честь 525-летней годовщины со дня рождения Алишера Навои.

Рукопись «Шарх ликитаб ат-таъриф лимазхаби тасаввуф» (О суфизме) Абу Ибрагима бин Исмаила бин Мухаммада бин Абдуллаха Аль Бухари.на персидском языке является известным произведением великого мыслителя.

«Далоилул-хайрот» (Сборник молитв) - произведение, состоящее из 133 страниц, украшено золотыми линиями. Данная рукопись была переписана переписчиком Абдул Асад ибн Сулейманом бухарской каллиграфией в конце XIX века.  

Абдурахман Джами (1414-1492) - персидский и таджикский поэт, ученый. За свою жизнь он создал около 100 работ. Некоторые из произведений поэта на персидском и арабском языках, хранятся в отделе редких книг и рукописей Национальной библиотеки Узбекистана имени Алишера Навои. Одно из них – «Силсилат уз-захаб» из «Хафт авранг» состоит из 89 страниц. Оно было  переписано в 989-990 годах по календарю хиджра (1581 г. н.э.). Место, где оно было переписано и имя переписчика не известны. Страницы книги были позолочены. Книга хранилась в библиотеке Бухарского эмирата.
«Билль фавоидиз зийоия» - еще одна не менее ценная научная работа Абдурахмана Джами. Эта работа является анализом произведения «Аль-Кофия», написанного ибн аль-Хаджибом на арабском языке в 1492 году. Данная работа, переписанная переписчиком Абул Касымом Мухаммадом в 956 году по календарю хиджра, состоит из 372 страниц. Написанная красивым шрифтом насх, книга в течение долгого времени использовалась в качестве руководства по арабскому языку в медресе стран Средней Азии и Ближнего Востока.

Абулкасым Фирдауси (934-1030), великий персидский и таджикский поэт, проработал над своим выдающимся произведением «Шахнаме» в течение 35 лет, поэма посвящена 4000-летней истории иранских и центрально-азиатских народов. Первая литография в Туркестанском крае была основана в Хорезме во дворце хорезмского хана Махмуда Рахима в конце 1870 года. В 1880 году первыми тремя редкими книгами, изданными в литографии, были «Хамса», «Девани Мунис» и «Девани Раджий» Алишера Навои. «Шахнаме» Абулкасыма Фирдауси, хранящаяся в библиотеке, была издана в типографии Арифджанова в Ташкенте в 1326 году по календарю хиджра. Это литографическое произведение было подготовлено при сотрудничестве Муллы Саида Акбара и Муллы Муртазо.

«Джами ат-таворих» Рашидуддина Фазлуллоха Хамадани  является важным источником в изучении истории Газневидов, моголов, а также тюркских народов Центральной Азии. Кроме описания жизни правителей в ней говорится о жизни ремесленников и крестьян. Данная работа была переписана переписчиком Махмудом Аль Камарий в Тегеране в 1886-1887 годах. Инженер Аббос Мазда передал ее в дар библиотеке.